京师大学堂 旧照
甲午海战之后，在民族文危亡之际，康有为、梁启超等维新志士向上“公车上书”，未果，遂在1895年先是办了《万国公报》，后又创办了第一个维新派政治组织“强学会”，以宣传思想和组织力量。1898年，在康梁的推动下，光绪帝颁布《定国是诏》进行变法，其中兴办大学就是其中的重要内容。既然倡导新式高等教育，那自然要从京城开始，于是便批准创立京师大学堂，由梁启超来起草大学章程。京师大学堂也就被视为近代中国第一所新式大学（同时也是最高的教育行政管理部门），由大学士吏部尚书孙家鼐为总监都，相当于现在的校长。而维新变法失败后，京师大学堂是唯一保留下来的成果。
京师大学堂 学生照片
京师大学堂早期的学生都是从清廷中上级官吏或者通过科举考试选拔出来的，其中很多官二代富二代，当时的学生把进入京师大学堂（北大）当作升官发财的台阶。那时的教授位置不靠学问决定，而依据他们的官阶，他们被称作“中堂”或者“大人”，学生则被叫做“老爷”。在道德方面，教授和学生一样，都声名狼藉，常常放纵于杜场或者妓院。那时有一个说法，北京八大胡同（就是风月场所所在地）的常客就是“两院一堂”，其中两院是指参议院、众议院，一堂就是京师大学堂，足见学校当时的风评很差，因此，曾被社会冠以“探艳团”、“杜窟”和“浮艳剧评、花丛趣事策源地”的称号。另外，这样的官学背景，也决定了京师大学堂（北大）以思想守旧为名。
1912年民国成立，京师大学堂改为国立北京大学，严复曾受命袁世凯，短期担任过北大的校长。这个严复不是别人，就是那个曾和后来成为日本首相的伊藤博文同期留学英国，曾节译达尔文、赫胥黎关于进化论相关著作，创造了“物竞天择”、“适者生存”、“优胜劣败” 这些个“现代成语”的严复，也就是那个在中国最新提倡西化，介绍科学方法、民主思想制度，最先反对科举制度，反对传统的儒家控制，对毛泽东的早期思想形成产生过重大影响的严复。当然，也就是那个1902年以后，渐渐转为保守，不赞成任何革命和革命政党，并担任袁世凯政治法律顾问，积极支持袁世凯帝制复辟，提倡恢复中国古代文明，把蔡元培称为“神经病一流”的严复。
今日北京大学内景
应该说北大精神的真正奠基人是蔡元培先生，蔡元培改造了北大。蔡元培于1916年被任命为北大校长，当时还有人劝他别去，就因为北大名声不好。而他在1917年初就任后，就提出了著名的办学三方针：第一，大学是学术研究机构，不是“国粹”收藏馆；第二，学生不应“专己守残”，要“应于专精之余，旁涉种种有关系之学理”；第三，大学须保有思想学术自由，“兼容并包”，“自由发表”。然后各方延请知名的教授，不问是新是旧，是保守还是开放，都一一请来。
正是因为蔡元培推动的改革，北大才成为现代中国自由思想的发源地，也是马克思主义思想最早的传播地。陈独秀、鲁迅、胡适、钱玄同这批“新文化运动”的主将，一个个被请到北大，为1919年的“五四运动”奠定了思想基础。在“五四运动”中走向街头的那批学生中，罗家伦、傅斯年后来成为国民党的学术重镇，也是当时反共产党的最坚决的急先锋；俞平伯成为《红楼梦》研究专家，张崧年成为英国罗素数理哲学在中国的第一阐释者，高君宇（后来牺牲）和谭平山成为共产党早期领导人，朱自清成为散文家和诗人；冯友兰成为著名哲学家和哲学史家。还有许多其他名人，不一一列举。
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