tm值计算公式(高通量测序原理)

做过分子实验的人都知道,要想做的有效率有质量是很苦逼的,1个月做100个克隆那都是小case,没点看家的本事怎么行。如果再遇到比较极品的稀有基因,周旋个把月,那也是家常便饭。下面就和大家分享一些载体构建的经验,从此迈向科研达人:

1. 准备工作

俗话说:用欲善其事,必先利其器。建议大家在做构建之前先找好工具,效果事半功倍哦。推荐两个工具,一个是oligo软件,常用于引物设计和酶切位点分析;另一个是DNAstar软件,工具极强大,一款全面的生物医学软件,用作DNA和蛋白质序列分析、重叠群拼接和基因工程管理。

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3. PCR扩增

如果没有现成的质粒可供酶切,PCR是最理想也是最方便的策略。目前市面上可选择的PCR酶实在太多,每隔一段时间还会升级,正常情况下,高保真的taq酶都能满足需求。但如果遇到难PCR的高GC基因,可以换不同PCR酶,添加一些 DMSO,甘油等,实在不行可以考虑Clontech的2 GC rich kit,价格和实力都大牛。另外,建议电泳切胶回收纯化PCR产物,去除一些非特异性条带。

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4. 酶切

强烈推荐NEB的内切酶,记得有一次用别家的酶切过夜,结果质粒都被切碎了(当然当时质粒浓度也不高),而用NEB的酶,切个七十二小时仍旧一切OK,尤其现在NEB还推出了HF的内切酶,没有星活性而且统一都用Buffer4。另外TAKARA的酶也还可以。

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6. 转化

按照SOP做就行,话说实验室原来从takara买感受态(competent cell),后来发现还是自己做的效率高(protocol免费索取)。要注意的是LB必须无菌而且没有抗生素,实验室原来有个技术员,做一次失败一次,我就奇怪了,后来才发现他用的居然是加了kana的LB,直接晕过去了。

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7. 鉴定

想要快速鉴定,建议用菌液PCR,菌液PCR是有一定讲究的,很多人做菌液PCR鉴定假阳性特多,为什么?因为你PCR引物选的都在载体上,注意引物必须分别在载体和插入片段上才准,PCR方法鉴定是极其准确的,数百次菌液PCR经验。PCR鉴定做起来也很简单,拿个2mL tube,装0.5mL 加入相应抗生素的LB,摇个三小时左后取1uL做模板就行了。如果想更快,直接菌落PCR也不错,效果一样。

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8. 测序

拿到测序结果时,不仅要核对序列,还要看测序峰图,这很重要。因为有时候光看序列对,实际上图显示的不对,或者虽然序列结果不对,但是图上出现的峰值本身就很怪异不可信,出现突变也不怕,有很大可能性是简并密码子;

还要重点检查的地方就是“接头”的地方,因为偶尔引物会出错,比方说少个碱基什么的,还有时候酶切之后连接也会丢一两个碱基什么的,如果不仔细检查到了后期悔之无及。

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